讲述了忍者神龟与蝙蝠侠跨时空相遇，他们本都是默默守护正义的使御灵真仙。然而在铲除罪恶的过程中蝙蝠侠和忍者神龟产生了误解，经过一系列打斗后，解除彼此的误解，共同作战，守护城市的和平以及人们的安全。